Ruokavirasto suosittelee, että kaikille tuttua punajuurta ei tule syödä raakana, vaan sitä tulee käyttää ainoastaan kunnolla kypsennettynä.
Varoituksen takana piilee raa’an punajuuriraasteen aiheuttamia useimmiten yksittäisiä ruokamyrkytysepidemioita, ja nyt Ruokavirastoon on tullut tietoa, että myös raa’asta punajuuresta tehty mehu tai smoothie on aiheuttanut äkillisesti rajua oksentamista.
Jos punajuurta käytetään perinteiseen tapaan kypsäksi keitettynä joko sellaisenaan tai etikkaan säilöttynä, sen ei ole todettu aiheuttaneen sairastumisia. Punajuurta voi turvallisesti käyttää myös vaikkapa uunijuureksena, sosekeitoissa ja leivonnassa. Tuttuja punajuuriruokia ovat esimerkiksi jouluinen rosolli, Lindströmin pihvit ja borssikeitto.
Vuonna 2010 kotimaisen punajuuren aiheuttamissa epidemioissa sairastui yli 100 henkilöä. Kaikissa tapauksissa punajuuri oli tarjottu raakaraasteena henkilöstöravintoloissa, päiväkodeissa tai kouluissa. Epidemioissa sairastuneiden yleisimmät oireet olivat pahoinvointi ja vatsakivut. Lisäksi raportoitiin päänsärkyä, väsymystä ja oksentelua. Monilla oireet alkoivat nopeasti (alle tunnin kuluessa ruokailusta) ja kestivät lyhyen aikaa (muutamia tunteja). Mikrobiologissa tutkimuksissa punajuurissa ei todettu ruokamyrkytyksiä aiheuttavia mikrobeja tai niiden tuottamia toksiineja. Myöskään potilasnäytteiden tutkimuksissa ei todettu oireita selittäviä löydöksiä.